بر خلاف تمامی شایعات عمل تغییر جنسیت در ایران امری کاملا قانونی است که برای اولین بار سید روح الله خمینی(ره) در سال ۱۳۴۳ در کتاب تحریرالوسیله خویش به مجاز بودن آن صراحتا اشاره کرد و از ان پس عمل تغییر جنسیت در ایران با راحتی بیشتری انجام میگیرد.امروزه در ایران بیش ار ۳۵۰ عمل تغییر جنسیت سالانه انجام میگیرد که حدود ۶۰ درصد این افراد تمایل به تغییر به جنس مرد و ۴۰ درصد خواهان تغییر به جنس زن هستند.
همچنین در قانون حمایت از خانواده ذکر شده که متقاضیان نغییر جنسیت میتوانند برای این کار دادخواست تغییر جنسیت به دادگاه خانواده محل اقامت خود تقدیم نمایند.